Zaměstnavatel musí u zaměstnance z ciziny vždy vyřešit otázku tzv. daňového rezidenství. Za českého rezidenta je cizinec považován tehdy, pokud má na našem území bydliště (stálý byt) nebo se na území ČR zdržuje déle než 183 dní za kalendářní rok. Rezident je poplatník daně, který má v ČR neomezenou daňovou povinnost – tzn. z celosvětových příjmů. Nerezident má daňovou povinnost pouze na příjmy, které plynou ze zdrojů na území ČR.

Pokud splňuje poplatník kritéria rezidence ve více státech, hrozí u něj tzv. dvojí zdanění. Pro tyto případy jsou uzavírány tzv. smlouvy o zamezení dvojího zdanění – viz přehled států. Určení daňového rezidenství je zásadní i pro získání možnosti čerpání daňových zvýhodnění.

Základní slevu na dani mohou uplatnit daňoví rezidenti i daňoví nerezidenti (včetně těch, kteří pracovali v ČR jen část roku). Daňový rezident ČR může navíc uplatnit odpočitatelné položky a slevy za stejných podmínek jako občané ČR. Daňoví rezidenti členských států EU a EHP mohou nároky na slevy uplatnit jen v daňovém přiznání a k nároku na všechny odpočty podle § 15 Zákona o daních z příjmů je potřeba naplnit kritérium 90% ze všech příjmů ze zdrojů v ČR. Ostatní daňoví nerezidenti nemají na tyto odpočty nárok.

Pokud je zaměstnanec daňovým rezidentem v obou smluvních státech, pak se při určování daňové rezidence postupně aplikují další kritéria – kde má stálý byt, kde se nachází centrum jeho životních zájmů, kde se obvykle zdržuje, jaká je jeho státní příslušnost, nebo se postupuje podle dohody smluvních států.